Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara terbentuk berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 66 Tahun 2015 tanggal 13 November 2015 tentang Pembentukan, Organisasi dan Tata Kerja 33 (Tiga Puluh Tiga) Kantor Kementerian Agama Kabupaten / Kota.
 

Berdasar pada PMA Nomor 66 tersebut, maka terhitung sejak bulan Januari 2016 Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Prov. Sulawesi Selatan menunjuk Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Tana Toraja Yohanis Lora Pangalingan, S.Sos. sebagai Pelaksana Tugas Kepala yang diberi tugas untuk melengkapi struktur organisasi dan menyelenggarakan pelayanan. Setelah melalui proses seleksi tertutup Pelaksana Tugas Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara kemudian mengusulkan pengangkatan pejabat struktural eselon IV untuk mengisi struktur jabatan sesuai tipologi yang telah ditetapkan dalam PMA Nomor 66 Tahun 2015. Dalam waktu kurang dari sebulan, tepatnya pada tanggal 09 Pebruari 2016, bertempat di Aula Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Selatan, Pejabat

Struktural Eselon IV secara resmi dilantik oleh Kepala Kantor Wilayah. Adapun pejabat yang dilantik adalah sebagai berikut:

1. Usman Senong, S.Ag. sebagai Kepala Subbagian Tata Usaha
2. Monika Randan, S.Th. sebagai Kepala Seksi Urusan Agama Kristen 
3. Armin Karaeng, S.PAK sebagai Kepala Seksi Pendidikan Kristen
4. Christianus Paliling, SE. sebagai Kepala Seksi Bimbingan Masyarakat Katolik
5. Mushawwir, S.Ag. sebagai Penyelengggara Pendidikan Islam
6. Sudirman M. Said, S.Ag. sebagai Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Islam
7. Abdul Halik, S.Ag. sebagai Penyelanggara Haji dan Umrah.
    

Dengan selesainya pelaksanaan pelantikan tersebut, maka struktur Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara telah lengkap dan pelaksanaan pelayananpun secara resmi mulai berjalan dengan menggunakan sebagian ruang kerja pada Kantor Urusan Agama Kecamatan Rantepao dan satu ruang kelas pada Madrasah Ibtidaiyah Rantepao sebagai Kantor Sementara. Seluruh pejabat yang telah dilantik memulai tugas dengan terlebih dahulu melaksanakan rapat konsolidasi yang dipimpin langsung oleh Plt. Kepala Kantor pada tanggal 10 Pebruari 2016.
Dalam menjalankan tugas dan fungsi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara masih bergantung pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Tana Toraja khususnya terkait dengan anggaran operasional.  
 

KEDUDUKAN, TUGAS DAN FUNGSI

1. Kedudukan

        Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara, sesuai dengan pasal 1 ayat (11) PMA Nomor 66 Tahun 2015, berkedudukan di Kabupaten Toraja Utara, berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Selatan.

2. Tugas

        Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara, sesuai pasal 2 mempunyai tugas melaksanakan tugas dan fungsi KemBenterian Agama dalam wilayah Kabupaten Toraja Utara berdasarkan Kebijakan Kepala Kantor Wilayah Provinsi Sulawesi Selatan dan ketentuan-ketentuan perundang-undangan.

3. Fungsi

        Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam pasal 2, Kantor Kementerian Agama melenggarakan fungsi:

• perumusan dan penetapan visi, misi dan kebijakan teknis di bidang pelayaan dan bimbingan kehidupan beragama kepada masyarakat di Kabupaten;
• pelayanan, bimbingan dan pembinaan di bidang haji dan umrah;
• pelayanan, bimbingan dan pembinaan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama dan keagamaan;
• pembinaan kerukunan umat beragama;
• pelaksanaan kebijakan teknis di bidang pengelolaan administrasi dan informasi;
• pengkoordinasian perencanaan, pengendalian, pengawasan dan evaluasi program; dan
• pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait, dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas kementerian agama di Kabupaten.  

STRUKTUR ORGANISASI 
Struktur Organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara sebagaimana dimaksud dalam pasal 1 ayat (1) huruf r, PMA Nomor 66 Tahun 2015, terdiri dari:
1.     Subbagian Tata Usaha
2.     Seksi Urusan Agama Kristen
3.     Seksi Pendidikan Kristen
4.     Seksi Bimbingan Masyarakat Katolik
5.     Penyelenggara Pendidikan Islam 
6.     Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Islam
7.     Penyelenggara Haji dan Umrah
8.     Kelompok Jabatan Fungsional

Kantor Kementerian Agama Kabupaten Toraja Utara secara berturut-turut telah dipimpin oleh Pelaksana Tugas Kepala dan Kepala Kantor Depenitif sebagai berikut:

1. Yohanis Lora Pangalingan, S.Sos. Pelaksana Tugas Januari s.d. Juli 2016
2. Usman Senong, S.Ag. Pelaksana Tugas 1 Agustus s.d. 02 November 2016
3. Pretty Lamban Gasong, S.Th., M.Th.M.Adm, SDA Terhitung 02 November 2016 sampai sekarang​​​​​