Secara nasional, Kementerian Agama (sebelumnya Departemen Agama) resmi terbentuk pada tanggal 3 Januari 1946, bertugas membimbing dan mengendalikan kehidupan beragama sesuai dengan pembukaan UUD 1945 dan sebagai realisasi dari pasal 29 UUD 1945.
Ketika wilayah Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara masih tergabung dalam satu provinsi yakni Provinsi Sulawesi Selatan dan Tenggara, instansi Departemen Agama di tingkat provinsi ketika itu bernama Jawatan Urusan Agama (Jaura) dan berkedudukan di Makassar, Sulawesi Selatan. Pada tahun 1964 terjadi peralihan wilayah administratif, sehingga Provinsi Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara dibagi menjadi dua wilayah. Provinsi Sulawesi Tenggara berdiri sendiri sebagai satu wilayah administratif, ditandai dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 13 Tahun 1964.
Seiring dengan tuntutan pelayanan pemerintahan, maka pada tahun 1967 Kantor Jawatan Urusan Agama berubah nomenklaturnya menjadi Kantor Perwakilan Departemen Agama Provinsi Sulawesi Selatan. Perubahan nomenklatur ini diharapkan dapat memberikan pelayanan yang lebih optimal kepada masyarakat, khususnya di Sulawesi Selatan.
Berdasarkan Kepres Nomor 44 tahun 1974, maka instansi Departemen Agama tingkat provinsi berubah nomenklaturnya menjadi Kantor Wilayah Departemen Agama, termasuk Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Sulawesi Selatan.
Setelah Keputusan Menteri Agama No. 53 tahun 1971 yang mengatur tentang pembentukan Kantor Perwakilan Departemen Agama Provinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten dan Inspektorat Perwakilan maka secara otomatis Departemen Agama Kabupaten Bulukumba telah resmi berdiri dengan nama Kantor Departemen Agama Kabupaten Bulukumba.
Kemudian pada tahun 2010, terbit Keputusan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2010 tentang perubahan Departemen menjadi Kementerian, maka nama Departemen Agama berubah menjadi Kementerian Agama. Sejak saat itu, Kantor Departemen Agama Kabupaten Bulukumba menjadi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bulukumba.
Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bulukumba berdiri di atas tanah seluas 1.750 m², yang terletak di Jalan Kenari Nomor 17, Kelurahan Loka, Kecamatan Ujung Bulu, Kabupaten Bulukumba. Terletak sekitar ± 150 km dari kota Makassar, Ibu Kota Provinsi Sulawesi Selatan. Saat ini Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bulukumba secara struktural membawahi 10 Kantor Urusan Agama Kecamatan, 2 Madrasah Aliyah Negeri, 7 Madrasah Tsanawiyah Negeri, 7 Madrasah Ibtidaiyah Negeri, 17 Madrasah Aliyah Swasta, 38 Madrasah Tsanawiyah Swasta, 33 Madrasah Ibtidaiyah Swasta, dan 43 lembaga Radhiyatul Atfal.
