Secara Nasional organisasi Kementerian Agama (dahulu Departemen Agama) resmi terbentuk pada tanggal 3 Januari 1946, bertugas membimbing dan mengendalikan kehidupan beragama sesuai dengan pembukaan UUD 1945 dan sebagai realisasi dari pasal 29 UUD 1945.

Ketika wilayah Sulawesi Selatan dan Tenggara masih merupakan wilayah satu provinsi yakni Provinsi Sulawesi Selatan dan Tenggara, instansi Departemen Agama di tingkat Provinsi ketika itu bernama Jawatan Urusan Agama (JAURA) berkedudukan di Makassar, Sulawesi Selatan. Pada tahun 1964 terjadi peralihan wilayah administrative provinsi Sulawesi Selatan dan Tenggara dibagi menjadi dua wilayah. Provinsi Sulawesi Tenggara berdiri sendiri sebagai satu wilayah administratif, ditandai dengan keluarnya Undang-UndangNomor 13 Tahun 1964.

Seiring dengan tuntutan pelayanan pemerintahan, maka pada tahun 1967 Kantor Jawatan Urusan Agama berubah nomenklaturnya menjadi Kantor Perwakilan Departemen Agama Provinsi Sulawesi Selatan. Perubahan nomenklatur ini diharapkan dapat memberikan pelayanan yang optimal kepada masyarakat, khususnya di Sulawesi Selatan.

Berdasarkan Kepres Nomor 44 tahun 1974, Keputusan Menteri Agama Nomor 18 Tahun 1975 tentang Kedudukan, tugas pokok, fungsi serta susunan dan tata kerja Departemen Agama, maka instansi Departemen Agama tingkat provinsi berubah nomenklaturnya menjadi Kantor Wilayah Departemen Agama, termasuk Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Sulawesi Selatan.

Setelah Keputusan Menteri Agama No. 53 tahun 1971 yang mengatur tentang pembentukan Kantor Perwakilan Departemen Agama Provinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten dan Inspektorat Perwakilan maka secara otomatis Departemen Agama Kabupaten Jeneponto telah resmi berdiri dengan nama Kantor Departemen Agama Kabupaten Jeneponto. Kemudian pada tahun 2010, terbit Keputusan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2010 tentang perubahan Departemen menjadi Kementerian, maka nama Departemen Agama diubah menjadi Kementerian Agama, sejak saat itu Kantor Departemen Agama Kabupaten Jeneponto menjadi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jeneponto.

Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jeneponto berdiri di atas tanah seluas 3.364 m², yang terletak di Jalan Lanto Dg. Pasewang Nomor 369 Kelurahan Balang Kecamatan Binamu Kabupaten Jeneponto, ± 84 km dari kota Makassar Ibu Kota Provinsi Sulawesi Selatan. Saat ini Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jeneponto secara struktural membawahi 11 Kantor Urusan Agama, 1 MA Negeri, 4 MTs Negeri, 4 MI Negeri, 34 MA Swasta, 51 MTs Swasta, 39 MI Swasta, dan 32 RA/BA.

Perjalanan yang cukup panjang tentunya tidak lepas dari orang-orang yang pernah memimpin Kantor Kementerian Agama Kab.Jeneponto perperiode.