Wajo sebagai salah satu kabupaten di Sulawesi Selatan, pada masa sebelum menjadi kabupaten adalah berstatus kewedanan yang mewilayahi tiga kewedanan, yaitu Kewedanan Bone, Soppeng, dan Wajo (biasa disebut BOSOWA atau TELLUMPOCCOE). Bone sebagai ibukota Kewedanan. Atas inisiatif Pemerintah Pusat (Menteri Agama, KH. Ahmad Ashary) untuk mendirikan Kantor Urusan Agama di Bone.
Pada tahun 1951, resmilah terbentuk Kantor Urusan Agama di Kabupaten Bone dengan wilayah personal meliputi 3 (tiga) kewedanan (Bone, Soppeng, Wajo).
Pada mula berdirinya, Deparetemen Agama hanya mengurusi urusan-urusan agama Islam, dan khusus untuk kewedanan Wajo ditunjuk sebagai Kepala Kantor Perwakilan Urusan Agama. Untuk menangani kegiatan administrasi sehari-hari, pada tahun 1951 telah dibangun sebuah gedung perkantoran yang berlokasi di Kota Sengkang dengan alamat Jl. Olahraga (sekarang Jl. Bali No. 40 Sengkang).
Pada tahun 1960, Kewedanan Wajo berubah statusnya menjadi Daerah Tingkat II (Dati II) Kabupaten Wajo. Pada waktu itu, Departemen Agama Kabupaten Wajo berstatus Kantor Urusan Agama Perwakilan berubah menjadi dinas-dinas, yaitu :
- Dinas Urusan Agama Islam yang dipimpinoleh H.Muhammad Zubair.
- Dinas Penerangan Agama Islam
- Dinas Pendidikan Agama Islam yang dipimpin oleh Muh. Rauf Husain
- Pengadilan Agama Sengkang yang dipimpin oleh H. HamzahBadawi
Pada tahun 1968, dinas-dinas itu disatukan dan terbentuk namanya menjadi Kantor Departemen Agama Kabupaten Wajo
