Organisasi Kementerian Agama (dahulu Departemen Agama) Kabupaten Enrekang  lahir sekitar tahun 1960 an yang asal mulanya terdiri dari, Dinas Urusan Agama, Dinas Pendidikan Agama Islam dan Dinas Penerangan Agama Islam.  Kepala Kantor yang pertama dijabat oleh Bapak H. Abd. Halim (......... s.d. 1972).

Pada tahun 1973 berubah nama menjadi Kantor Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Enrekang, kepala Kantor dijabat oleh M. Noer Bahroen Noer (1972 s.d. 1976), pada saat itu masih berstatus Dinas Urusan Agama Islam, Dinas Pendidikan Agama Islam dan Dinas Penerangan Agama Islam.

Pada tahun 1976 Kantor Perwakilan Departemen Agama Kab. Enrekang yang terdiri beberapa Dinas berubah menjadi Seksi yaitu: Seksi Urusan Agama Islam, Seksi Pendidikan Agama Islam dan Seksi Penerangan Agama Islam. Pada saat itu membawahi 5 (lima) Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan, yaitu: (1) KUA Kecamatan Maiwa, (2) KUA Kecamatan Enrekang, (3) KUA Kecamatan Anggeraja, (4) KUA Kecamatan Baraka dan (5) KUA Kecamatan Alla.

Pada tahun 2002 tepatnya tanggal 13 Juni 2002 dengan adanya pemekaran Kecamatan di Kabupaten Enrekang, maka Kantor Departemen Agama Kab. Enrekang membawahi 9 (sembilan) KUA Kecamatan, yaitu: KUA Kec. Maiwa, KUA Kec. Enrekang, KUA Kec. Anggeraja, KUA Kec. Baraka, KUA Kec. Alla, KUA Kec. Bungin. KUA Kec. Cendana, KUA Kec. Malua, dan KUA Kec. Curio.

Pada tanggal 04 Desember 2007 Kab. Enrekang kembali terjadi pemekaran Kecamatan, sehingga Kantor Departemen Agama Kab. Enrekang membawahi 10 (sepuluh) KUA Kecamatan, yaitu: KUA Kec. Maiwa, KUA Kec. Enrekang, KUA Kec. Anggeraja, KUA Kec. Baraka, KUA Kec. Alla, KUA Kec. Bungin. KUA Kec. Cendana, KUA Kec. Malua, KUA Kec. Curio, dan KUA Kec. Buntu Batu.

Pada tanggal 08 Oktober 2009 terjadi lagi pemekaran Kecamatan menjadi 12 Kecamatan, maka Kantor Departemen Agama Kab. Enrekang membawahi 12 KUA Kecamatan, yaitu: KUA Kec. Maiwa, KUA Kec. Enrekang, KUA Kec. Anggeraja, KUA Kec. Baraka, KUA Kec. Alla, KUA Kec. Bungin. KUA Kec. Cendana, KUA Kec. Malua, KUA Kec. Curio, KUA Kec. Buntu Batu, KUA Kec. Masalle, dan KUA Kec. Baroko.

Pada tahun 2010 terjadi perubahan nama Departemen Agama Kab. Enrekang menjadi Kementerian Agama Kab. Enrekang (dasar perubahannya: KMA Nomor: 1 Tahun 2010 tanggal 28 Januari 2010 tentang perubahan Departemen Agama menjadi Kementerian Agama). Saat ini Kantor Kementerian Agama Kabupaten Enrekang secara struktural membawahi 12 (dua belas) Kantor Urusan Agama Kecamatan yang ada di Kabupaten Enrekang. 

Pelaksanaan kegiatan dan program Kantor Kementerian Agama Kab. Enrekang, tetap mengacu pada tugas dan fungsi Kantor Kementerian Agama Kabupaten sebagaimana diatur dalam Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 372 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi dan Kabupaten/Kota dan Peraturan Menteri Agama No. 13 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama.

Semenjak berdirinya Kantor Kementerian Agama Kab. Enrekang, sampai sekarang telah dipimpin oleh 14 (Empat Belas) orang pejabat. Adapun urutan nama-nama Kepala Kantor sesuai dengan masa bertugasnya adalah sebagai berikut:

KH. Abdul Halim ( ........ s.d. 1972)

H. Noer Bahrun Noer (1972 s.d. 1976)

H. Muh. Safri (1976 s.d. 1981)

Drs. H. M. Asaf Dalle (1981 s.d. 1985)

Drs. H. Bahri Mappiasse (1985 s.d. 1990)

Drs. H. Baharuddin Saenong (1990 s.d. 1995)

Drs. H. Nurdin Baturante (1995 s.d. 2002)

Drs. H. Darwis Hamzah, M.Pd (2002 s.d. 2006)

Drs. H. Muh. Jafar (2007 s.d. 2009)

Drs. H. Mudassir S, M.Ag (2009 s.d. 2012)

Drs. H. Suyahdi Sallu, M.H. (2013 – 2015)

 Drs. Kamaruddin SL, M.Ag (2015 - 2020)

 H. Irman, S.Ag., M.Si (2020-2022)

 Dr. H. Ramli Rasyid., S.Ag., M.Pd.I., M.Ed. (2022 – Sekarang)