Wajo sebagai salah satu kabupaten di Sulawesi Selatan, pada masa sebelum menjadi kabupaten adalah berstatus kewedanan yang mewilayahi tiga kewedanan, yaitu Kewedanan Bone, Soppeng, dan Wajo (biasa disebut BOSOWA atau TELLUMPOCCOE). Bone sebagai ibukota Kewedanan. Atas inisiatif Pemerintah Pusat (Menteri Agama; KH.Ahmad Ashary) untuk mendirikan Kantor Urusan Agama di Bone.

Padatahun 1951, resmilah terbentuk Kantor Urusan Agama di Kabupaten Bone dengan wilayaho personal meliputi 3 (tiga) kewedanan (Bone, Soppeng, Wajo).

Pada mula berdirinya, Deparetemen Agama hanya mengurusiu rusan-urusan agama Islam, dan khusus untuk kewedanan Wajo ditunjuk sebagai Kepala Kantor Perwakilan Urusan Agama. Untuk menangani kegiatan administrasi sehari-hari, padatahun 1951 telah dibangun sebuah gedung perkantoran yang berlokasi di Kota Sengkang dengan alamat Jl. Olahraga (sekarang Jl. Bali No. 40 Sengkang).

Padatahun 1960, Kewedanan Wajo berubah statusnya menjadi Daerah Tingkat II (Dati II) Kabupaten Wajo.Pada waktu itu, Departemen Agama Kabupaten Wajo berstatus Kantor Urusan Agama Perwakilan berubah menjadi dinas-dinas, yaitu :

1. Dinas Urusan Agama Islam yang dipimpinoleh H.Muhammad Zubair.
2. Dinas Penerangan Agama Islam
3. Dinas Pendidikan Agama Islam yang dipimpin oleh Muh. Rauf Husain
4. Pengadilan Agama Sengkang yang dipimpin oleh H. HamzahBadawi

Padatahun 1968, dinas-dinas itu disatukan dan terbentuk namanya menjadi Kantor Departemen Agama Kabupaten Wajo.

Perubahan Departemen Menjadi Kementerian Agama

        Berdasarkan Peraturan Presiden no 47 tahun 2009 tentang pembentukan dan organisasi Kementerian Agama, Departemen Agama (Depag), resmi berganti nama Kementerian Agama. Secara otomatis semua penulisan, kop surat dan penyebutan diganti kementerian agama. Perubahan serta penyebutan Departemen Agama manjadi Kementerian Agama tersebut ditetapkan dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2010. Tentang perubahan penyebutan Departemen Agama menjadi Kementerian Agama berlaku sejak tanggal ditetapkan yaitu pada tanggal 28 Januari 2010 oleh Menteri Agama RI Suryadharma Ali di Jakarta. Dengan perubahan ini secara otomatis semua penggunaan atribut seperti logo, lencana, badge, kop surat, stempel, papan nama dan lain-lain, yang sebelumnya Departemen Agama harus di ganti Kementerian Agama. Perubahan Departemenmenjadi Kementerian juga dialami Departemen lain yang juga diubah menjadi Kementerian.

Sejak berubah nama sampai saatini, Kantor Departemen Agama Kabupten Wajotelah dipimpin oleh :

Muhammad Zubair (alm) Tahun 1968 – 1977

Abd. Karim Jafar (alm) Tahun 1977 – 1990

H. Semaun Samad (alm) Tahun 1990 – 1992

H. Muhammad Nadir Aris Tahun 1992 – 1997

H. M. Faisal Usman, M.Ag Tahun 1997 – 2004

H. Hamka Karim, M. Ag Tahun 2004 – 2007

H. A. Syahrulyali R, M .Ag Tahun 2007 – 2008

H. M. Amin Hasan, M. Ag Tahun 2008 – 2012

H. M. Amin M, M. HI Tahun 2012 – 2016

H.M. Arsyad Ambo Tuo, M.Ag Tahun 2016 – 2019

H. Anwar, S.Ag, M.Pd Tahun 2019 ­– 2021

Dr. H. Muhammad Yunus. S.Ag., M.Ag. Tahun 2022 – 2025

H. Muhammad Subhan, S.Ag., M.Pd.I. Tahun 2025 - Sekarang