Pada tahun 1952 telah keluar Peraturan Menteri Agama No. 10 Tahun 1952 khusus untuk daerah dengan susunan organisasi Kementerian agama terdiri; Jawatan Urusan Agama; saat itu Terdiri : dari Kantor Urusan Agama Daerah, Kantor Urusan Agama Kabupaten dan Kantor Urusan Kecamatan

Jawatan Pendidikan Agama, terdiri dari Kantor Pendidikan Agama Kabupaten dan Jawatan Penerangan Agama Terdiri Pegawai Penerangan Kabupaten. Disamping jawatan dibentuk pula Biro Pengadilan Agama.

Masa kepemimpinan H. Sulaiman Abbas selaku kepala Jawatan Pendidikan Agama Kabupaten Selayar, sekaligus kepala Kantor Dep. Agama pertama. Saat kepemimpinan beliau sudah ada Pengembangan dan penyusunan organisasi Kementerian yang dibuat harus berpedoman kepada Keputusan Presiden, mulai berlaku tahun 1966 sampai tahun 1974. Keputusan ini diambil dalam rangka menunjang kebijakan pemerintah tentang anggaran berimbang (balance budget) sebab menyusun organisasi Kementerian erat hubungannya dengan 3 M (Man, Money, dan Material). Karena setiap penyusunan organisasi Kementerian terlebih dahulu diadakan penelitian tugas pokoknya, ruang lingkup, dan beban kerjanya, baru kemudian disusun susunan organisasi. Koordinasi untuk menentukan hal tersebut menjadi tugas Menteri Negara Penerbitan Aparat Negara (MENPAN).

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama 53 Tahun 1971 ini telah mengatur Pembentukan Kantor Perwakilan Kementerian Agama Provinsi dan Kantor Perwakilan Kementerian Agama Kabupaten serta Perwakilan Inspektorat. Secara otomatis jabatan kepala kantor saat itu berubah menjadi kepala kantor Perwakilan Kementerian Agama Kabupaten, saat itu dijabat oleh, (Alm) AG. H. Abdul Qadir Kasim.

Unsur Pimpinan ialah Kepala Perwakilan; Unsur Pembantu Pimpinan ialah sekretaris Perwakilan; Unsur Pelaksana ialah: Inspeksi Urusan Agama; Inspeksi Pendidikan Agama; Inspeksi Penerangan Agama; dan Inspeksi Peradilan Agama. Unsur Pengawasan ialah Inspektorat Perwakilan. Pada masa Tahun 1975 – Juni 2003 dan Sampai Sekarang masih berlaku organisasi pemerintah Kementerian agama Kabupaten berdasarkan pada Keputusan Presiden No. 44 Tahun 1974 tentng pokok-pokok Organisasi Kementerian dan Keputusan Presiden No. 45 Tahun 1974 tentang Susunan Organisasi Kementerian. Keputusan Presiden ini merupakan penyempurnaan sekaligus pengganti dari Keputusan Presidium Kabinet No. 15/U/KEP/8/1966 tanggal 31 Agustus 1966. Sekaligus ada penyempurnaan dari KMA RI N0. 373/2002 tentang organisasi dan tata kerja kantor Kementerian Agama Kabupaten / Kota, dan kabupaten Selayar masuk dalam kategori tipologi I-A.